零碳发展研究院聘请国务院特殊津贴专家，并设立理事会和专家委员会，理事会作重大战略决策；专家委员会由行业知名专家和学者组成，负责统筹协调零碳基础研究、前沿技术研究、重大社会公益性技术研究及关键技术、共性技术研究，牵头组织零碳发展的重大关键技术攻关。研究院下设四个部门，分别是技术研发部、碳资产管理部、政宣部、财务部。